琼崖的事情告一段落后，张鹏飞便即回师。这次出兵虽然未能完全剿灭石壁，但也给与其沉重打击，相信在短期内其不会再出来兴风作浪了。
在回师途中，张鹏飞率船队去了一次澳门，与青衣社的毛羽等头目商议，觉定建立遍布两广和南洋的情报系统。
这次他还招募了许多葡人技术人才，回到万山后便开始发展万山工业，主要有肥皂厂，专门捕杀鲸鱼熬油制作肥皂；玻璃厂，不但生产玻璃器皿，也用玻璃和锡片制作玻璃镜。
在这期间，万山炮厂也相继研制出几种型号的铁炮，并掌握了自主研发火炮的能力，为大鹏所军的发展打下了坚实基础。
从琼崖回来一个月后，万山岛迎来了一场喜事，张鹏飞终于和叶小慧喜结良缘。
此后数月张鹏飞又剿灭数股海盗，兵锋直指猫岛的徐贵相，而这时两广沿海的小股海盗纷纷前往蜈蜞屿投靠郑廷球，郑廷球趁势召开三十六岛联盟会议，完成了南海海盗的整合，也率领海盗船队来到猫岛支援徐贵相，双方展开一场大战，最后大鹏水营依靠强大的火力击溃海盗船队，击杀和俘获了海盗头目数十名，郑廷球率海盗残兵落荒而逃。
在此期间，张鹏飞手下的邓让阴谋刺杀张鹏飞，却被早有防备的张鹏飞擒获，原来这邓让真名叫郑让，却是郑廷球的亲弟弟。
郑廷球逃回蜈蜞屿，走投无路。军师王天漠向其献计，让海盗扮作明朝使臣前往突袭渤尼国。
渤尼国此时正面临荷兰人的侵略，正无计可施，见明朝使臣到来大喜过望，以为找到了靠山，是以对这帮假使臣毫无防备，渤尼国王还在皇宫设宴款待。
在酒宴中，郑廷球以赏赐为名，设下伏兵擒获渤尼国王和大臣、贵族数百人，并杀死渤尼**民上万人，此后海盗们放出渤尼王子，以其为傀儡统治渤尼国，而郑廷球等海盗便盘踞渤尼王宫作威作福，并大肆搜刮金银财宝。
此时张鹏飞率船队来到蜈蜞屿，渤尼王子得到消息假扮渔民上岛向明军求援，于是大鹏所军在王子的带路下于夜晚奇袭渤尼王宫，击溃海盗并救出国王等人。郑廷球带着财宝落荒而逃，被张鹏飞设伏兵擒获。
平定海盗后，张鹏飞不但吞下价值上百万两白银的财宝，还向渤尼国勒索了位于婆罗洲西北相当于琼崖岛面积的一块盛产黄金的土地，命名为金山，开始从广州招募流民向金山殖民，并在蜈蜞屿建立了殖民统治机构。
而郑廷球等一众海盗在张鹏飞的威逼利诱下投降张鹏飞，成了他手下一支隐藏的力量，其中郑廷球的军师王天漠就是小时候帮张鹏飞算命的王半仙，其人见风使舵投靠了张鹏飞，成为张鹏飞手下第一谋士，为以后张鹏飞的事业出谋划策立下汗马功劳。
正当南海剿匪告一段落之时，远在粤北的猺民之乱却愈演愈烈，连山知县朱若迄惊恐万分，先后四次上疏朝廷，请兵剿瑶。崇祯十四年五月，明皇帝命两广总督沈犹龙、总兵施王政等，调集楚、豫、闽各省兵合剿八排瑶。而瑶民毫不畏惧，英勇抗击官兵。至次年二月，官兵剿瑶不克，反而被义军斩杀了号称“骁勇善战”的广州副总兵陈鹏、守备黎树绩等头目和大批“敢死士”。